Variación de perfiles genéticos obtenidos por PCR con y sin extracción de ADN a partir de manchas de sangre

Autores/as

DOI:

https://doi.org/10.17533/udea.acbi.v39n106a08

Palabras clave:

PCR sin extracción, extracción de ADN, genética forense

Resumen


La PCR sin extracción es una herramienta clave en investigaciones forenses, tratándose de una de las opciones a elegir cuando se tienen muestras con baja cantidad o calidad del ADN. El objetivo de este estudio fue determinar si hay diferencias entre los perfiles genéticos obtenidos por PCR i) en muestras de ADN extraídas con Chelex® 100, ii) en muestras de ADN obtenidas con el reactivo de purificación de muestras en tarjetas FTA, y iii) por la PCR muestras sin extracción, empleando el kit comercial AmpFLSTR® Identifiler®, utilizado de rutina en el laboratorio IdentiGEN de la Universidad de Antioquia. Manchas de sangre almacenadas en tarjetas FTATM Genecard WhatmanTM, papel de Cromatografía y papel filtro, se amplificaron por PCR sin extracción utilizando los buffers EzwayTM, PCRboostTM, STRboostTM y Buffer 5X Colorless Go Taq® Flexi. Los perfiles obtenidos se analizaron por medio de electroforesis capilar. Los resultados muestran que con los buffers utilizados se obtiene la amplificación de todos los marcadores STRs de las muestras almacenadas en los tres diferentes soportes. Esto permite concluir, que utilizando la PCR sin extracción, además de reducirse los costos y el tiempo de procesamiento de las muestras, se logra obtener perfiles genéticos que cumplan los criterios de calidad establecidos por el laboratorio, generando resultados de manera más eficiente al no ser necesario realizar la extracción y purificación del ADN.

|Resumen
= 273 veces | PDF
= 168 veces| | HTML
= 153 veces|

Descargas

Los datos de descargas todavía no están disponibles.

Citas

Akane A, Matsubara K, Nakamura H, Takahashi S, Kimura K. 1994. Identification of the heme compound copurified with deoxyribonucleic acid (DNA) from bloodstains, a major inhibitor of polymerase chain reaction (PCR) amplification. Journal of Forensic Sciences, 39: 362.

Barbaro A, Cormaci P, Votano S. 2011. Direct PCR by the AmpFlSTR NGMTM kit for database purpose. Forensic Science International: Genetics Supplement Series, 3: 103-104. Doi:10.1016/j.fsigss.2011.08.051

Biomatrica [Internet]. 2014b. PCRboostTM: A Novel PCR Amplification Enhancer. Fecha de acceso: 17 de agosto de 2014. Disponible en: <http://www.biomatrica.com/media/pcrboost/PCRboost%20%20App%20note%201.pdf>.

Chacon-Cortes D, Haupt L, Lea R, Griffiths L. 2012. Comparison of genomic DNA extraction techniques from whole blood samples: a time, cost and quality evaluation study. Molecular Biology Reports, 39: 5961-5966. Doi:10.1007/s11033-011-1408-8

de Vargas Wolfgramm E, de Carvalho F, da Costa Aguiar V, De Nadai Sartori M, Hirschfeld-Campolongo G, Tsutsumida W, Louro I. 2009. Simplified buccal DNA extraction with FTA® Elute Cards. Forensic Science International: Genetics, 3: 125-127. Doi:10.1016/j.fsigen.2008.11.008

Kitpipit T, Chotigeat W, Linacre A, Thanakiatkrai P. 2014a. Forensic animal DNA analysis using economical two-step direct PCR. Forensic Science Medicine and Pathology, 10: 29-38. Doi:10.1007/s12024-013-9521-8

Kitpipit T, Sittichan K, Thanakiatkrai P. 2014b. Direct-multiplex PCR assay for meat species identification in food products. Food Chem. Forensic Science Medicine and Pathology, 163: 77-82. Doi:10.1016/j.foodchem.2014.04.062

Kitpipit T, Thanakiatkrai P, Linacre A, Lapwong Y, Chotigeat, W. 2013. Low-cost direct PCR for aged and processed wildlife sample analysis. Forensic Science International: Genetics Supplement Series, 4: 71-72. Doi:10.1016/j.fsigss.2013.10.036

Laurin N, DeMoors A, Frégeau C. 2012. Performance of Identifile Direct and PowerPlex 16 HS on the Applied Biosystems 3730 DNA Analyzer for processing biological samples archived on FTA cards. Forensic Science International: Genetics, 6: 621-629. Doi:10.1016/j.fsigen.2012.02.003

Linacre A, Pekarek V, Swaran, Y, Tobe S. 2010. Generation of DNA profiles from fabrics without DNA extraction. Forensic Science International: Genetics, 4: 137-141. Doi:10.1016/j. fsigen.2009.07.006

Marshall P, King J, Budowle B. 2015. Utility of amplification enhancers in low copy number DNA analysis. International Journal of Legal Medicine, 129 (1): 43-52. Doi:10.1007/s00414-014-1021-1

Mercier B, Gaucher C, Feugeas O, Mazurier C. 1990. Direct PCR from whole blood, without DNA extraction. Nucleic Acids Research, 18: 5908.

Myers B, King J, Budowle B. 2012. Evaluation and comparative analysis of direct amplification of STRs using PowerPlex® 18D and Identifiler® Direct systems. Forensic Science International: Genetics, 6: 640-645. Doi:10.1016/j.fsigen.2012.02.005

Oorschot R, Ballantyne K, Mitchell R. 2010. Forensic trace DNA: a review. Investigative Genetics, 1: 1-17. Doi:10.1186/20412223-1-14

Ottens R, Taylor D, Abarno D, Linacre A. 2013a. Optimising direct PCR from anagen hair samples. Forensic Science International: Genetics Supplement Series, 4: 109-110. Doi:10.1016/jfsigss.2013.10.056

Ottens R, Templeton J, Paradiso V, Taylor D, Abarno D, Linacre A. 2013b. Application of direct PCR in forensic casework. Forensic Science International: Genetics Supplement Serie, 4: 47-48. Doi:10.1016/j.fsigss.2013.10.024

Phillips K, McCallum N, Welch L. 2012. A comparison of methods for forensic DNA extraction: Chelex-100® and the QIAGEN DNA Investigator Kit (manual and automated). Forensic Science International: Genetics, 6: 282-285. Doi:10.1016/jfsigen.2011.04.018

Ps W, Da MRH. 1991. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material. BioTechniques, 10: 506-513.

Schnoor M, Voß P, Cullen P, Böking T, Galla H, Galinski E, Lorkowski S. 2004. Characterization of the synthetic compatible solute homoectoine as a potent PCR enhancer. Biochemical Biophysical Research Communications, 322: 867-872. Doi:10.1016/jbbrc.2004.07.200

Stene M, Buchard A, Børsting C, Morling N. 2011. Validation of the AmpFlSTR® Identifiler® Direct PCR Amplification kit in a laboratory accredited according to the ISO17025 standard. Forensic Science International: Genetics Supplement Series, 3: 165-166. Doi:10.1016/j.fsigss.2011.08.083

Swaran Y, Welch L. 2012. A comparison between direct PCR and extraction to generate DNA profiles from samples retrieved from various substrates. Forensic Science International: Genetics, 6: 407-412. Doi:10.1016/j.fsigen.2011.08.007

Tack L, Thomas M, Reich K. 2007. Automated Forensic DNA Purification Optimized for FTA Card Punches and Identifiler STR- based PCR Analysis. Clinics Laboratory Medicine Laboratory Automation, 27: 183-191. Doi:10.1016/j.cll.2006.12.009

Vallone P, Hill C, Butts E. 2011. Concordance study of direct PCR kits: PowerPlex 18D and Identifiler Direct. Forensic Science International: Genetics Supplement Series, 3: 353-354. Doi:10.1016/j.fsigss.2011.09.039

Verheij S, Gorp A, Benschop C, Harteveld J, Matai A, Sijen T. 2011. Implementation and first case results of a rapid DNA profiling service. Forensic Science International: Genetics Supplement Series, 3: 427-428. Doi:10.1016/j.fsigss.2011.09.075

Wang D, Chang C, Oldroyd N, Hennessy L. 2009. Direct amplification of STRs from blood or buccal cell samples. Forensic Science International: Genetics Supplement Series, 2: 113-114. Doi:10.1016/j.fsigss.2009.08.069

Yang Y, Kim J, Song Y, Kim D. 2007. A novel buffer system, AnyDirect, can improve polymerase chain reaction from whole blood

without DNA isolation. Clinica Chimica Acta, 380: 112-117. Doi:10.1016/j.cca.2007.01.019

Zhang Z, Kermekchiev M, Barnes W. 2010. Direct DNA Amplification from Crude Clinical Samples Using a PCR Enhancer Cocktail and Novel Mutants of Taq. The Jounarl Molecular Diagnostics, 12: 152-161. Doi:10.2353/jmoldx.2010.090070

Descargas

Cómo citar

Villa-Loaiza, M. M., Granda-Agudelo, J. D., Gusmão, L., & Ibarra-Rodríguez, A. A. (2017). Variación de perfiles genéticos obtenidos por PCR con y sin extracción de ADN a partir de manchas de sangre. Actualidades Biológicas, 39(106), 79–87. https://doi.org/10.17533/udea.acbi.v39n106a08

Número

Sección

Notas cortas