Estrutura genética da população de dois rebanhos da raça Aberdeen Angus na Colômbia
DOI:
https://doi.org/10.17533/udea.rccp.v34n4a05Palavras-chave:
Aberdeen Angus, ADN mitocondrial, biótipo, bovino, diversidade genética, estrutura genética, gado, gado de corte, fenótipo, genética populacional, introgressão mitocondrial, marcadores polimórficos, microssatélites, parentesco, raça de gadoResumo
Antecedentes: Dentro da raça Aberdeen Angus há dois biótipos conhecidos como Old Type e New Type, que diferem em sua origem e produção de carne. Na Colômbia, esta raça é comercializada há aproximadamente 80 anos. Entretanto, estudos sobre a origem, o parentesco e os níveis de diversidade genética desta raça em rebanhos colombianos ainda não foram realizados, o que é importante para o planejamento de cruzamentos e estratégias de manejo. Objetivo: Medir a diversidade genética e a estrutura de dois rebanhos colombianos de biótipos de Old Type e New Type de Aberdeen Angus de Huila e Cundinamarca e avaliar a introgressão mitocondrial com outras raças. Métodos: Um grupo de dez loci de microssatélites foi caracterizado e a Região de Controle Mitocondrial foi sequenciada. As estimativas de diversidade genética e diferenciação populacional foram aplicadas, juntamente com testes de designação populacional. Resultados: Os locus microssatélites foram altamente polimórficos, conforme indicado pelo Conteúdo de Infomação Polimórfica (0,599) e Probabilidade de Identidade (1,896 10-08). As populações avaliadas de Aberden Angus na Colômbia eram altamente diversificadas e claramente diferenciadas em dois grupos correspondentes aos fenótipos do Old Type e New Type. Em contraste, os dados mitocondriais não recuperaram esses dois grupos e mostraram um amplo mix genético. Conclusões: Este estudo otimizou um grupo de dez marcadores altamente polimórficos que podem ser usados para estudos genéticos de parentesco e população de Aberdeen Angus. A diferenciação genética nos loci nucleares concordou com as diferenças fenotípicas entre os Old e New Types, mas os dados mitocondriais indicam ancestralidade de várias raças européias na origem do Aberdeen Angus colombiano.
Downloads
Referências
Achilli A, Olivieri A, Pellecchia M, Uboldi C, Colli L, Al-Zahery N, Accetturo M, Pala M, Kashani BH, Perego UA, et al. Mitochondrial genomes of extinct aurochs survive in domestic cattle. Curr Biol 2008; 18(4): R157–R158.
Amos W, Hoffman JI, Frodsham A, Zhang L, Best S, Hill AVS. Automated binning of microsatellite alleles: problems and solutions. Mol Ecol Notes 2007; 7(1): 10–14. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2006.01560.x
Anderson S, de Bruijn MHL, Coulson AR, Eperon IC, Sanger F, Young IG. Complete sequence of bovine mitochondrial DNA conserved features of the mammalian mitochondrial genome. J Mol Biol 1982; 156(4): 683–717. DOI: https://doi.org/10.1016/0022-2836(82)90137-1
Asociación Argentina de Angus. 2014. Características Morfológicas de la Raza Angus. [accessed 2016 Jul 6]. http://www.angus.org.ar/.
Bedoya G, Carvajal LG, Moreno FL, Davies S, Derr J, Ossa JE, Kingdom U. Estructura molecular y poblacional del ganado criollo colombiano (GCC). Rev Colomb Ciencias Pecu 2001; 14(24): 109–120. Avaible from: https://aprendeenlinea.udea.edu.co/revistas/index.php/rccp/article/view/323757
Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW. Construction of a Genetic Linkage Map in Man Using Restriction Fragment Length Polymorphisms. Am J Hum Genet 1980; 32: 314–331. PMID: 6247908; PMCID: PMC1686077.
Bruford MW, Bradley DG, Luikart G. DNA markers reveal the complexity of livestock domestication. Nat Rev Genet 2003; 4: 900–910. DOI: https://doi.org/10.1038/nrg1203
Campos J, Vargas B, Camacho J, Cruz A. Pruebas De Identidad Y Paternidad En Ganado Brahman. Agron Costarric 2018; 42(1): 49–62. DOI: https://doi.org/10.15517/rac.v42i1.32197
Commission on Genetic Resources for Food and Agriculture. 2011. Molecular genetic characterization of animal genetic resources. Rome: Commission on Genetic resources for Food and Agriculture, Food and Agriculture Organization of the United Nations. [accessed 2018 Nov 26]. http://www.fao.org/3/i2413e/i2413e00.htm
Excoffier L, Lischer HEL. Arlequin suite ver 3.5: a new series of programs to perform population genetics analyses under Linux and Windows. Mol Ecol Resour 2010; 10(3): 564–567. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2010.02847.x
Garrido-Garduño T, Vázquez-Domínguez E. Métodos de análisis genéticos, espaciales y de conectividad en genética del paisaje. Rev Mex Biodivers 2013; 84(3): 1031–1054. DOI: https://doi.org/10.7550/rmb.32500
Ginja C, Penedo MCT, Melucci L, Quiroz J, Martínez López OR, Revidatti MA, Martínez-Martínez A, Delgado J V., Gama LT. Origins and genetic diversity of New World Creole cattle: Inferences from mitochondrial and y chromosome polymorphisms. Anim Genet 2010; 41: 128–141. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2009.01976.x
González F. 2018. Web del Curso de Caracterizacion de Recursos Genéticos 2018. Software. [accessed 2018 Jun 26]. http://fernando.gonzalez.unileon.es
Holm S. A Simple Sequentially Rejective Multiple Test Procedure. Scand J Stat 1979; 6:65–70. Retrieved from http://www.jstor.org/stable/4615733
Hsieh TC, Ma KH, Chao A. iNEXT: an R package for rarefaction and extrapolation of species diversity (Hill numbers). Methods Ecol Evol 2006; 7(12): 1451–1456. DOI: https://doi.org/10.1111/2041-210X.12613
Ilie DE, Cean A, Cziszter LT, Gavojdian D, Ivan A, Kusza S. Microsatellite and Mitochondrial DNA Study of Native Eastern European Cattle Populations: The Case of the Romanian Grey. PLoS One 2015; 10(9): 1–18. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0138736
Jamieson A, Taylor SSC. Comparisons of three probability formulae for parentage exclusion. Anim Genet 1997; 28(6): 397–400. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.1997.00186.x
Kumar S, Nei M, Dudley J, Tamura K. MEGA: a biologist-centric software for evolutionary analysis of DNA and protein sequences. Brief Bioinform 2008; 9(4): 299–306. DOI: https://doi.org/10.1093/bib/bbn017
Leigh J, Bryant D. Popart: full‐feature software for haplotype network construction. Methods Ecol Evol 2015; 6(9): 1110–1116. DOI: https://doi.org/10.1111/2041-210X.12410
Librado P, Rozas J. DnaSP v5: a software for comprehensive analysis of DNA polymorphism data. Bioinformatics 2009; 25(11): 1451–1452. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp187
Londoño Díaz N, Cerón Muñoz MF, Soto Calderón ID. Genetic diversity of Senepol cattle in Colombia using ten multiplexed microsatellites. Livest Res Rural Dev 2016; 28(8). Available from: http://www.lrrd.org/lrrd28/8/lond28137.html
Marshall TC, Slate J, Kruuk LEB, Pemberton JM. Statistical confidence for likelihood-based paternity inference in natural populations. Mol Ecol 1998; 7(5): 639–655. DOI: https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.1998.00374.x
Montoya A, Cerón M, Moreno M, Martínez E, Corrales J, Tirado J, Calvo S. Genetic characterization of the Hartón del Valle, Angus, Brangus, Holstein, and Senepol cattle breeds in Colombia, using ten microsatellite markers. Rev Colomb Ciencias Pecu 2010; 23(September): 283–291. Available from: https://aprendeenlinea.udea.edu.co/revistas/index.php/rccp/article/view/324589
Osorio M, Toro M. 2018. Estudio de caso: Comparación morfométrica y filogenética de los biotipos de cruzamiento Aberdeen Angus de origen “escocés” y “new type” en cuatro rebaños colombianos. Universidad de Antioquia.
Peakall R, Smouse PE. genalex 6: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research. Mol Ecol Notes 2006; 6(1): 288–295. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2005.01155.x
Piñeros JA. 1980. La historia del Angus en Colombia. Obtained from Tierraleja Aberdeen Angus. Recovering on April 15, 2017. https://tierraleja.jimdo.com
Pritchard JK, Stephen M, Donnelly P. Inference of Population Structure Using Multilocus Genotype Data. Genetics 2000; 115(2):945–959. PMID: 10835412; PMCID: PMC1461096
Radko A. Application of a complementary set of 10 microsatellite DNA markers for parentage verification in Polish Red cattle. Annals of Animal Science. 2010; 10:9-15. Available from: www.researchgate.net/publication/287181893_Application_of_a_complementary_set_of_10_microsatellite_DNA_markers_for_parentage_verification_in_Polish_Red_cattle
Rousset F. Genepop’007: a complete re-implementation of the genepop software for Windows and Linux. Mol Ecol Resour 2008; 8(1): 103–106. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1471-8286.2007.01931.x
Sepúlveda J, Ángel P, Toro A, Corrales J, Moreno MA, Cerón-muñoz MF. Genetic variability of Senepol cattle in Colombia using molecular markers. Rev Colomb Ciencias Pecu 2012; 25: 183–190. Available from: http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-06902012000200003
Stevanovic J, Stanimirovic Z, Dimitrijevic V, Stojic V, Fratric N, Lazarevic M. Microsatellite DNA polymorphism and its usefulness for pedigree verification in Simmental cattle from Serbia. Acta Vet 2009; 59: 621 – 631. DOI: https://doi.org/10.2298/AVB0906621S
Taberlet P, Valentini A, Rezaei HR, Naderi S, Pompanon F, Negrini R, Ajmone-Marsan P. Are cattle, sheep, and goats endangered species?. Mol Ecol 2008; 17(1): 275–284. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2007.03475.x
Troy CS, MacHugh DE, Bailey JF, Magee DA, Loftus RT, Cunningham P, Chamberlain AT, Sykes BC, Bradley DG. Genetic evidence for Near-Eastern origins of European cattle. Nature 2001; 410: 1088–1091. DOI: https://doi.org/10.1038/35074088
Villegas Castagnasso E, Rogberg Muñoz A, Prando AJ, Baldo A, Giovambattista G. D-loop Mitochondrial genetic analysis in Abeerden Angus old type from Argentina. J Basic Appl Genet 2015; 26(2): 29–35. DOI: http://hdl.handle.net/11336/11609.
Downloads
Publicado
Como Citar
Edição
Seção
Licença
Copyright (c) 2020 Revista Colombiana de Ciencias Pecuarias
Este trabalho está licenciado sob uma licença Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
Os autores autorizam a RCCP a reimprimir o material nela publicado.
A revista permite que o(s) autor(es) detenham os direitos autorais sem restrições, e permitirá que o(s) autor(es) mantenham os direitos de publicação sem restrições.