Extracción de ADN a partir de microcosmos contaminados con petróleo pesado y amplificación del gen rpoB

Autores/as

  • Lucía C. Lozano-A. Universidad de los Andes
  • María A. Bautista Universidad de los Andes
  • Jenny Dussan-G. Universidad de los Andes

Palabras clave:

extracción de ADN, amplificación PCR, microcosmos, petróleo pesado, rpoB

Resumen


Este trabajo describe un nuevo método de extracción de ADN genómico de suelo contaminado con petróleopesado. El método combina lavados del suelo usando tres soluciones de lavado con lisis enzimática de lascélulas (método SW-EL). El método SW-EL fue validado mediante la extracción de ADN de muestras de 0,5 gtomadas de microcosmos preparados con suelo artificialmente contaminado con petróleo pesado al 1 y 10% (p/p) e inoculados con un consorcio bacteriano. Comparado con un protocolo establecido de lisis y obtención deADN usando el kit comercial Gene ReleaserTM (Bioventures) (método GRL), el nuevo método SW-EL permitióobtener mayor cantidad de ADN. Con la adición de Gene Releaser como resina quelante a la reacción de PCR,los genes rpoB (usados como modelo) fueron amplificados, indicando que el método SW-EL puede ser usadopara analizar los consorcios microbianos presentes en suelos contaminados con petróleos pesado

|Resumen
= 24 veces | PDF
= 13 veces|

Descargas

Los datos de descargas todavía no están disponibles.

Biografía del autor/a

Lucía C. Lozano-A., Universidad de los Andes

Centro de Investigaciones Microbiológicas (CIMIC). Departamento de Ciencias Biológicas, Universidad de los Andes. A. A. 4976. Bogotá, Colombia.

Citas

Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z,Miller W, Lipman DJ. 1997. Gapped BLAST andPSI-BLAST: a new generation of protein databasesearch programs. Nucleic Acids Research,25(17):3389-3402.Dahllöf I, Baillie H, Kjelleberg S. 2000. rpoB-basedmicrobial community analysis avoids limitationsinherent in 16S rRNA gene intraspeciesheterogeneity. Applied and EnvironmentalMicrobiology, 66(8):3376-3380.Dermont G, Bergeron M, Mercier G, Richer-Laflèche M.2008. Soil washing for metal removal: A review ofphysical/chemical technologies and fieldapplications. Journal of Hazardous Materials,152(1):1-31.Ehsan S, Prasher SO, Marshall WD. 2006. A washingprocedure to mobilize mixed contaminants from soil.II. Heavy metals. Journal of Environmental Quality,35(6):2084-2091.Evans FF, Seldin L, Sebastian GV, Kjelleberg S,Holmström C, Rosado AS. 2004. Influence ofpetroleum contamination and biostimulationtreatment on the diversity of Pseudomonas spp.in soil microcosms as evaluated by 16S rRNAbased-PCR and DGGE. Letters in AppliedMicrobiology, 38(2):93-98.Fortín N, Beaumier D, Lee K, Greer CW. 2004. Soilwashing improves the recovery of total communityDNA from polluted and high organic contentsediments. Journal of Microbiological Methods,56(2):181-191.Kasai Y, Takahata Y, Hoaki T, Watanabe K. 2005.Physiological and molecular characterization of amicrobial community established in unsaturated,petroleum-contaminated soil. EnvironmentalMicrobiology, 7(6):806-818.

LaMontagne MG, Michel FC, Holden PA, Reddy CA.2002. Evaluation of extraction and purificationmethods for obtaining PCR-amplifiable DNA fromcompost for microbial community análisis. Journalof Microbiological Methods, 49(3):255-264.Luning Prak D, Pritchard PH. 2002. Solubilization ofpolycyclic aromatic hydrocarbon mixtures in micellarnonionic surfactant solutions. Water Research,36(14):3463-3472Márquez-Rocha FJ, Olmos-Soto J, Rosano-HernándezMC, Muriel-García M. 2005. Determination of thehydrocarbon-degrading metabolic capabilities of tro-pical bacterial isolates. InternationalBiodeterioration & Biodegradation, 55(1):17-23.Menking DE. Emanuel PA, Valdes JJ, Kracke SK. 1999.Rapid cleanup of bacterial DNA from field samples.Resources Conservation and Recycling, 27(1-2):179-186.Purohit HJ, Kapley A, Moharikar AA, Narde G. 2003. Anovel approach for extraction of PCR-compatibleDNA from activated sludge samples collected fromdifferent biological effluent treatment plants. Journalof Microbiological Methods, 52(3):315-323.Stelmack PL, Gray MR, Pickard MA. 1999. Bacterialadhesion to soil contaminants in the presence ofsurfactants. Applied and EnvironmentalMicrobiology, 65(1):163-168.Yeates C, Gillings MR, Davison AD, Altavilla N, Veal DA.1998. Methods for microbial DNA extraction from soilfor PCR amplification. Biological Procedures Online,1(1):40-47.Zhang W, Tsang DCW, Lo IMC. 2007. Removal of Pb andMDF from contaminated soils by EDTA- and SDS-enhanced washing. Chemosphere, 66(11):2025-2034Zhou J, Bruns MA, Tiedje J. 1996. DNA Recovery fromsoils of diverse composition. Applied andEnvironmental Microbiology, 62(2):316-322.

Descargas

Publicado

2017-10-26

Cómo citar

Lozano-A., L. C., Bautista, M. A., & Dussan-G., J. (2017). Extracción de ADN a partir de microcosmos contaminados con petróleo pesado y amplificación del gen <i>rpoB</i>. Actualidades Biológicas, 30(88), 1–8. Recuperado a partir de https://revistas.udea.edu.co/index.php/actbio/article/view/329316

Número

Sección

Artículos completos