Extracción de ADN usando métodos mínimamente invasivos en Xenarthras orden Pilosa, una contribución a su conservación
DOI:
https://doi.org/10.17533/udea.acbi.v44n116a06Palabras clave:
ADN, genética, integridad de ADN, Myrmecophagidae, BradypodidaeResumen
Los Xenarthra son un grupo de mamíferos, de gran importancia histórica y ecológica, originados en Suramérica. La implementación de técnicas en genética molecular en estos animales está en aumento y para ello, losmétodos de muestreo mínimamente invasivos son una herramienta exitosa para el monitoreo genético. Enesta investigación se comparó la calidad y cantidad de ADN obtenido de sangre, tejidos, saliva, pelos y heces,usando dos kits comerciales: PrepFiler™ y GeneJET™. La concentración, pureza e integridad del ADN fueronevaluadas usando espectrofotometría y electroforesis. Se usó una ANOVA de dos factores mezclados y unaprueba de comparaciones múltiples de Tukey para comparar los diferentes métodos de extracción de ADN ya través de las diferentes muestras biológicas. El mayor rendimiento de ADN fue obtenido para las muestrasde tejido con el kit PrepFiler™, con una concentración media de 5,25 ng/μL, una pureza de 1,87 y una bandadefinida en la electroforesis. Sin embargo, no recomendamos el uso de estas muestras en animales vivos.El ADN obtenido de saliva con el kit PrepFiler™ ofreció resultados similares en términos de concentración(media 3,56 ng/μL), pureza de 1,85 e integridad; además, la prueba de comparación de Tukey mostró queno hay diferencias entre las muestras de saliva y sangre (p= 0,01028); la obtención de muestras de salivarequiere menos intervención en los animales. Por esta razón, se concluye que la extracción de ADN usandoel kit PrepFiler™ en muestras de saliva es la mejor opción para extracción de ADN de calidad en las especies estudiadas.
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Abba, A. M., & Superina, M. (2010). The 2009/2010 Armadillo Red List Assessment. Edentata, 11(2), 135-184.DOI: 10.5537/020.011.0203
Abba, A. M., Tognelli, M. F., Seitz, V. P., Bender, J.B., & Vizca ́ıno, S. F. (2012). Distribution of extant xenarthrans (Mammalia: Xenarthra) in Argentina using species distribution models. Mammalia, 76(2).DOI:10.1515/mammalia-2011-0089
Abraham, J. E., Maranian, M. J., Spiteri, I., Russell, R., Ingle,S., Luccarini, C., Earl, H. M., Pharoah, P. P., Dunning,A. M., & Caldas, C. (2012). Saliva samples are a viablealternative to blood samples as a source of DNA for highthroughput genotyping.BMC Medical Genomics, 5, 19.DOI:10.1186/1755-8794-5-19
Alejos Velazquez, L. P., Aragon Martınez, M. C., & Cornejo-Romero, A. (2014). Extraccion y purificacion de ADN.En A. Cornejo, A. Serrato, B. Rendon, & M. G. Rocha (Eds.), Herramientas moleculares aplicadas en ecologıa: aspectos teoricos y practicos (pp. 1-26). Secretaria de Medio Ambiente y Recursos Naturales; InstitutoNacional de Ecolog ́ıa y Cambio Climatico, Universidad Autonoma Metropolitana.http://www2.inecc.gob.mx/publicaciones2/libros/710/extraccion.pdf
Avise, J. C. (1989). A role for molecular genetics in the recognition and conservation of endangered species.Trends inEcology and Evolution, 4(9), 279-281. DOI:10.1016/0169-5347(89)90203-6
Barros, M. C., Sampaio, I., & Schneider, H. (2003). Phylogene-tic analysis of 16S mitochondrial DNA data in sloths andanteaters.Genetics and Molecular Biology, 26(1), 5-11.DOI:10.1590/S1415-47572003000100002
BejaPereira, A., Oliveira, R., Alves, P. C., Schwartz, M. K., &Luikart, G. (2009). Advancing ecological understandingsthrough technological transformations in noninvasive ge-netics.Molecular Ecology Resources, 9(5), 1279-1301.DOI:10.1111/j.1755-0998.2009.02699.x
Blanco Jarvio, A., Martınez Lopez, A., & Bautista Gar-cıa, A. (2014). Optimizacion de un protocolo de extraccion de DNA total para la amplificacion de marcadores moleculares funcionales especıficos de organismos desnitrificantes.CICIMAR Oceanides, 29(2), 37-44. DOI:10.37543/oceanides.v29i2.138
Brevnov, M. G., Pawar, H. S., Mundt, J., Calandro, L. M.,Furtado, M. R., & Shewale, J. G. (2009). Developmental validation of the PrepFilerTM forensic DNA extraction kit for extraction of genomic DNA from biologicalsamples. Journal of Forensic Sciences, 54(3), 599-607. DOI:10.1111/j.1556-4029.2009.01013.x
Carroll, E. L., Bruford, M. W., DeWoody, J. A., Leroy, G.,Strand, A., Waits, L., & Wang, J. (2018). Genetic andgenomic monitoring with minimally invasive samplingmethods. Evolutionary Applications, 11(7), 1094-1119.DOI:10.1111/eva.12600
Coimbra, R. T. F., Miranda, F. R., Lara, C. C., Schetino, M. A.A., & Santos, F. R. D. (2017). Phylogeographic historyof South American populations of the silky anteater Cyclopes didactylus (Pilosa: Cyclopedidae). Genetics and Molecular Biology, 40(1), 40-49. DOI:10.1590/1678-4685-GMB-2016-0040
Core Team. (2008).R: A language and environment for statis-tical computing.https://www.r-project.org/Dhaliwal, A. (2020). DNA Extraction and Purification.Mate-rials and Methods.DOI:10.13070/mm.en.3.191
Gallina, S., & Lopez-Gonzalez, C. (2011).Manual de Tecnicaspara el estudio de la Fauna silvestre.Universidad Autonoma de Queretaro-Instituto de Ecologıa. http://www1.inecol.edu.mx/cv/CVpdf/libros/tecnicasfauna.pdf.
Gardner, A. L. (2008). Mammals of South America, Volume 1: Marsupials, Xenarthrans, Shrews, and Bats. University of Chicago Press. DOI: 10.7208/chicago/9780226282428.001.0001
Gaudin, T. (2003). Phylogeny of the Xenarthra (Mammalia). Senckenbergiana biologica, 83, 27-40.http://www.saturnia.de/senck-biol/sebio-cont.htm#83%20(1)
Gibb, G. C., Condamine, F. L., Kuch, M., Enk, J., Moraes-Barros, N., Superina, M., Poinar, H. N., & Delsuc, F.(2016). Shotgun mitogenomics provides a reference phylogenetic framework and timescale for living Xenarthrans. Molecular Biology and Evolution, 33(3), 621-642. DOI: 10.1093/molbev/msv250
Gonzalez Andrade, F., Martınez Jarreta, M. B., & Institucion Fernando el catolico. (2001). Tecnicas instrumentales engenetica forense. Institucion Fernando el catolico. http:77ifv.dpz.es.
Jar, A. M. (2014). Bienestar animal y el uso de animales de la-boratorio en la experimentacion cientıfica.Revista Argentina de Microbiologıa, 46(2), 77-79. DOI:10.1016/S0325-7541(14)70051-3
Liu, L., Zilong, G., Huang, Z., Zhuang, J., & Yang, W. (2016).Size-selective separation of DNA fragments by usinglysine-functionalized silica particles.Scientific Reports, 6,22029. DOI:10.1038/srep22029
Loreille, O. M., Diegoli, T. M., Irwin, J. A., Coble, M.D., & Parsons, T. J. (2007). High efficiency DNAextraction from bone by total demineralization.Fo-rensic Science International: Genetics, 1(2), 191-195.DOI:10.1016/j.fsigen.2007.02.006
Muñoz-Garcia, C., Rendon-Franco, E., Lopez-Dıaz,O., Ruiz Romero, R., Arechiga-Ceballos, N.,Villanueva, C., Rodas-Martınez, A., Valle-Lira,M., Trillanes, C., & Arellano-Aguilar, O. (2016). Colecta y conservaci ́on de muestras de faunasilvestre en condiciones de campo. Editorialuniversidad autonoma metropolitana de Xochimilco. https://www.casadelibrosabiertos.uam.mx/contenido/contenido/Libroelectronico/colectafaunasilvestre.pdf
Osorio-Cadavid, E., Ram ́ırez, M., L ́opez, W. A., & Mam-buscay, L. A. (2009). Estandarizaci ́on de un proto-colo sencillo para la extracci ́on de ADN gen ́omicode levaduras.Revista Colombiana de Biotecnolog ́ıa,11(1), 125-131. https://revistas.unal.edu.co/index.php/biotecnologia/article/view/10339/10834
Perez, L. A., Rodrıguez, F., Langebaek, C. H., & Groot, H.(2016). Real-time quantification to analyze historical Colombian samples detecting a short fragment of hyperva-riable region II of mitochondrial DNA.Biom ́edica, 36(3),475-482. DOI: 10.7705/biomedica.v36i3.3098
Schwartz, M. K., Luikart, G., & Waples, R. S. (2007). Geneticmonitoring as a promising tool for conservation and management.Trends in Ecology and Evolution, 22(1), 25-33.DOI:10.1016/j.tree.2006.08.009
Silva, P., Manganiello, L., Mendoza, N., & Vega, C. (2013).Metodo rapido para la determinacion de fenol y penta-clorofenol en agua potable mediante HPLC con deteccionUV. Ingeniera UC, 20(3), 9.https://www.redalyc.org/pdf/707/70732641010.pdf
Taberlet, P., Waits, L. P., Luikart, G., Taberlet, P., Waits, L.P., Luikart, G., Taberlet, P., Waits, L. P., Luikart, G.,Taberlet, P., Waits, L. P., Luikart, G., Taberlet, P., Waits,L. P., & Luikart, G. (1999). Noninvasive genetic sampling:Look before you leap.Trends in Ecology and Evolution,14(8), 323-327. DOI:10.1016/S0169-5347(99)01637-
Tian, H., H ̈uhmer, A. F. R., & Landers, J. P. (2000). Evaluation of silica resins for direct and efficient extractionof DNA from complex biological matrices in a miniaturized format. Analytical Biochemistry, 283(2), 175-191.DOI:10.1006/abio.2000.4577
Valdespino, C., Martınez-Mota, R., Garcıa-Feria, L. M., &Martınez-Romero, L. E. (2007). Evaluacion de eventos reproductivos y estres fisiologico en vertebrados silvestres a partir de sus excretas: Evolucion de una metodologıa no invasiva. Acta Zoologica Mexicana (N. S.), 23(3), 151-180. DOI:10.21829/azm.2007.233605
Wilson, D. E., & R. A., Mittermeier (Eds.). (2018). Handbook of the Mammals of the World Vol.8: Insectivores, Sloths and Colugos. Lynx Editions.https://www.iberlibro.com/Handbook-Mammals-World-Vol.8-Insectivores-Sloths/30104586229/bd
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