Solución numérica de modelos biológicos de reacción difusión en dominios fijos mediante el método de los elementos finitos
DOI:
https://doi.org/10.17533/udea.redin.16020Palabras clave:
Modelos de reacción difusión, formación de patrones, método de elementos finitos, biología matemáticaResumen
Múltiples fenómenos biológicos se han descrito mediante modelos matemáticos formulados a partir de ecuaciones de reacción difusión. La solución de este tipo de ecuaciones da lugar a la formación de patrones espacio-temporales que se ajustan a la realidad biológica del fenómeno modelado. En este artículo se describe la implementación numérica de tres modelos de reacción difusión bien referenciados: el modelo de morfogénesis de Schnakenberg, y los modelos de reacción cinética de Gierer-Meinhardt y Thomas. El objetivo es analizar el conjunto de parámetros asociados con la formación de los patrones espaciotemporales. La implementación numérica se realiza utilizando el método de los elementos finitos en dominios unidimensionales y bidimensionales. Se concluye que la formación de patrones espacio-temporales en modelos de reacción difusión depende de los parámetros constantes del modelo, de las condiciones iniciales y de la técnica de implementación. El análisis de estas dependencias es útil para la formulación y validación de nuevos modelos matemáticos que describan fenómenos biológicos.
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P. K. Maini. “Mathematical models in morphogenesis”. Mathematics Inspired by Biology. Ed. Springer Berlin- Heidelberg. 1999. pp. 151-189. DOI: https://doi.org/10.1007/BFb0092377
D. A. Garzón. Simulación de procesos de reacción difusión: aplicación a la morfogénesis del tejido óseo. Tesis de Doctorado. Zaragoza. España: Centro Politécnico Superior de la Universidad de Zaragoza. 2007. pp. 38-70.
D. Benson, P. Maini, J. A. Sherratt. “Unravelling the Turing bifurcation using spatially varying diffusion coefficient”. J. Math. Biol. Vol. 37. 1998. pp. 381- 417. DOI: https://doi.org/10.1007/s002850050135
P. K. Maini, K. Painter, H. Chau. “Spatial pattern formation in chemical and biological systems”. J. Chem. Soc. Faraday Trans. Vol. 93. 1997. pp. 3601- 3610. DOI: https://doi.org/10.1039/a702602a
A. Turing. “The chemical basis of morphogenesis”. Philos. Trans. Roy. Soc. Vol. 237. 1952. pp. 37-72. DOI: https://doi.org/10.1098/rstb.1952.0012
M. Dolnik, A. M. Zhabotinsky, A. B. Rovinsky, I. R. Epstein. “Spatio-temporal patterns in a reaction diffusion system with wave instability”. Chemical Engineering Science. Vol. 55. 2000. pp. 223-231. DOI: https://doi.org/10.1016/S0009-2509(99)00318-8
J. D. Murray. Mathematical Biology II. Spatial models and biomedical applications. 3a. ed. Ed. Springer-Verlag. New York. 2003. pp. 75-97.
K. Page, P. K. Maini, N. Monk. “Patter formation in spatially heterogeneous Turing reaction diffusion models”. Physics D. Vol. 181. 2003. pp. 80-101 DOI: https://doi.org/10.1016/S0167-2789(03)00068-X
A. Madzvamuse, A. J. Wathen, P. K. Maini. “A moving grid finite element method applied to a model biological patter generador”. Journal of Computational Physics. Vol. 190. 2003. pp. 478-500. DOI: https://doi.org/10.1016/S0021-9991(03)00294-8
T. Miura, K. Shiota. “TGFβ-2 acts as an activator molecule in reaction-diffusion model and is involved in cell sorting phenomenon in mouse limb micromass culture”. Dev. Dyn. Vol. 217. 2000. pp. 241-249. DOI: https://doi.org/10.1002/(SICI)1097-0177(200003)217:3<241::AID-DVDY2>3.0.CO;2-K
S. Kondo, R. Asai. “A reaction diffusion wave on the skin of the marine angelfish Pomacanthus”. Nature. Vol. 376. 1995. pp. 765-768. DOI: https://doi.org/10.1038/376765a0
H. Jung, P. Francis-West, R. Widelitz, T. Jiang, S. Ting- Berreth, C. Tickle, L. Wolpert, C. Chuong. “Local inhibitory action of BMPs and their relationships with activators in feather formation: implications for periodic patterning”. Dev. Biol. Vol. 196. 1998. pp. 11-23. DOI: https://doi.org/10.1006/dbio.1998.8850
T. Miura, K. Morriss, P. K. Maini. “Mixed-mode pattern in doublefoot mutant mouse limb: Turing reaction diffusion model on a growing domain during limb development”. J. Theor Biol. Vol. 240. 2006. pp. 562-573. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jtbi.2005.10.016
J. D. Murray. Mathematical Biology I. An introduction.3a ed. Ed. Springer-Verlag. New York. 2002. pp. 405-509.
K. Painter. Chemotaxis as a mechanism for morphogenesis. PhD Thesis. United Kingdom. Oxford University. 1997. pp. 3-25.
J. C. Vanegas A., N. S. Landinez, D. A. Garzón-Alvarado. “Análisis de la inestabilidad de Turing en modelos biológicos”. Revista DYNA, Universidad Nacional de Colombia - Medellín. Aprobado para publicación. 2009.
J. D. Murray, G. F. Ester. “Cell traction models for generation pattern and form in morphogenesis”. J. Math. Biology. Vol. 19. 1984. pp. 265-279. DOI: https://doi.org/10.1007/BF00277099
A. Madzvamuse. A numerical approach to the study of spatial pattern formation. PhD Thesis. Oxford, UK: Computing Laboratory. University of Oxford. 2000. pp. 10-40.
E. Crampin. Reaction diffusion patterns on growing domains. PhD Thesis. Oxford, UK: Magdalen College. University of Oxford. 2000. pp.1-34.
E. Oñate, J. Miquel, F. Zárate. “Stabilized solution of the multidimensional advection–diffusion–absorption equation using linear finite elements”. Computers and Fluids. Vol. 36. 2007. pp. 92–112. DOI: https://doi.org/10.1016/j.compfluid.2005.07.003
A. Madzvamuse. “Time-stepping schemes for moving grid finite elements applied to reaction diffusion systems on fixed and growing domains”. J. Comput Phys. Vol. 214. 2006. pp. 239-263. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jcp.2005.09.012
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