Obtención de secuencias ORESTES en una linea linfoblastoide de un paciente con síndrome de down

Resumen

Con la estrategia ORESTES (Open Reading Frame Expressed Sequences Tags), se pretende a diferencia de las ESTs ( Expressed sequences tags) convencionales la obtención de secuencias de la porción central del transcrito, por lo cual fue utilizada en este trabajo para la obtención de 71 secuencias a partir de una línea linfoblastoide de un paciente con síndrome de Down. Por medio del análisis bioinformático se definieron cuatro "clusters" como muestra para realizar BLAST local, tres estaban conformadas por secuencias "No-Match", es decir sin homología en las bases de datos de transcritos descritos, pero que corresponden a cDNA de cromosomas 15, 9 y Y, el cuarto corresponde a un EST reportado en 2001 ubicado en el cromosoma 6, obtenido a partir de cartílago osteartrítico (versión Genoma Humano de Marzo 2006.36.2), datos que permiten suponer una relación funcional entre las regiones y el Síndrome de Down.

OBJETIVO GENERAL: obtener Secuencias ORESTES a partir de una línea linfoblastoide de un paciente con Síndrome de Down y reportarlas en las Bases de Datos NCBI (ESTs-GEN BANK).18

OBJETIVOS ESPECIFICOS: adaptar la estrategia ORESTES para obtención de secuencias a partir de una línea linfoblastoide de un paciente con Síndrome de Down. Identificar los transcritos por medio de la utilización del algoritmo bioinformático BLAST de las bases de datos públicas.

MATE RIALES Y MÉTODOS: se extrajo sangre periférica de un paciente con síndrome de Down por trisomía universal, del Servicio de Consulta externa del Instituto de Genética de la UNAL firmando consentimiento informado y se obtuvo una línea linfoblastoide por transformación EBV.

PROCEDIMIENTOS: aislamiento ARNm POLY(A)- producción de ADNc. Amplificación PCR ORESTES. Ligación producto de amplificación: transformación de bacterias e.coli, extracción de ADN. Secuenciación de plásmidos y análisis bioinformático: limpieza de las secuencias, selección y alineamiento múltiples. BLAST y caracterización de las regiones en bases de datos NCBI. Las condiciones y herramientas específicas de cada procedimiento, deben ser expuestas de manera más extensa.

RESULTAD OS Y CONCLUSIONES: los datos obtenidos pueden sugerir una relación funcional entre las secuencias obtenidas y regiones descritas así: Cromosoma 15, Sindromes Prader Willi y Angelman, comparten características fenotípicas con el Síndrome de Down. Cromosoma Y, infertilidad en varones con Trisomía 21. Cromosoma 6,Cartilago Osteoartrítico, , alteraciones osteoartríticas del Síndrome de Down. Cromosoma 9: Genes relacionados con Leucemias, no hay relación aparente. Como conclusión de este trabajo, la utilización de la estrategia ORESTES en una línea linfoblastoide con trisomía 21, permitió obtener secuencias que pudieron ser relacionadas con la patogénesis del Síndrome de Down tal como fue propuesto inicialmente.

BIBLIOGRAFIA

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