Simulaciones de dinámica molecular de dominios transmembranales de BACE1 y BACE2 del Alzheimer en neuronas
DOI:
https://doi.org/10.17533/udea.redin.20200368Palabras clave:
análisis modal, modos complejos, análisis estructural, interacción molecularResumen
Las simulaciones de dinámica molecular (MD) son una aproximación que se emplea frecuentemente en biología computacional para muestreo exhaustivo del espacio conformacional proteína-ligando. Por este motivo, son útiles para el análisis estructural y el estudio de interacciones moleculares. En este estudio, reportamos sobre el protocolo de simulación MD para entender la dinámica de las β-secretasa 1 (BACE1) y 2 (BACE2), los cuales se sabe ampliamente que juegan un papel transcendental en la enfermedad de Alzheimer. Esto se logró evaluando los cambios estructurales en los dominios a través de la membrana mientras se encontraban insertos en un complejo de membrana neuronal simulada. Aquí se consideraron dos niveles en el contenido de colesterol de la membrana. Debido a que no existe evidencia reportada soportando la capacidad de dimerización de BACE1 y BACE2, se prepararon sistemas sencillos y dobles (BACE1/BACE1, BACE2/BACE2, BACE1/BACE2) tanto en orientación paralela como antiparalela para cada corrida. Después de 10ns de simulación MD, el análisis de la estructura tridimensional reveló una correlación entre los altos niveles de colesterol y tanto el replegamiento de péptidos como los cambios en la estructura secundaria de ambos dominios transmembranales en sistemas simples y dobles. Interesantemente, nuestros resultados también indican un marcado potencial de interacción en el Sistema doble BACE2/BACE2, particularmente cuando los dominios asumen una orientación antiparalela.
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