Barrido Genómico de Asociación (GWAs) a Labio/ Paladar Fisurado no-sindromico en una muestra poblacional en Colombia

Abstract

Las hendiduras orofaciales (OFC) son un problema mayor en salud publica ya que afectan a uno de cada500-1000 niños a nivel mundial. Su compleja etiología muestra estar asociada a la interacción multiloci con covariantes ambientales prenatales. Los pacientes con/sin paladar fisurado no-sindrómico (NS-CL/P) son el grupo mas prevalente, y el motivo de este estudio. Hasta ahora los análisis de segregación y de patrones de recurrencia para CL/P han apoyado los modelos multigénicos y de genes de efecto mayor. Sin embargo, los análisis de mutaciones han detectado que solo el 2-6% del total de individuos con NS-CL/P poseen cambios en genes candidatos como MSX1, FOXE1, GLI2, JAG2, LHX8, SATB2, RYK1.

Objetivos: aplicar el GWAs para detectar CNVs casoexclusivos, y poner a prueba la hipótesis de que aquellos loci significativamente ligados a NS-CL/P bajo un modelo recesivo, tendrían largos trechos de homocigosis (LRH) o disminución de heterocigosis cuando se comparen pares de afectados/no- afectados en familias con NS-CL/P.

Métodos - Población: las familias se contactaron a través de los pacientes/probandos diagnosticados en la Clínica Noel de Medellín, Colombia. La mayoría de familias son multigeneracionales y con varias personas con CL/P. (A la fecha se han reclutado 661 pedigrees, constituidos por 2717 personas, 1925 no afectados y 792 afectados con CL/P no sindromico).

Genotipificación: se aplicó la plataforma Illumina HumanCNV370-quad con el Infinium Assay, que además de permitir el barrido genómico de SNPs, también rastrea para ~14,000 regiones adicionales de CNVs que proveen acceso a regiones hipervariables permitiendo extender el análisis a regiones subrepresentadas en otras plataformas y/o aun no incluidas en bases de datos públicas, con la ventaja de incluir megasatélites y duplicaciones segmentales con énfasis en regiones pequeñas.

Análisis: los CNVs se caracterizaron mediante en algoritmo PennCNV. Se estimaron los parametos "B-Allele-Freq" y "Log R Ratio", tomando en cuenta la relación de intensidad alélica para cada marcador, sus frecuencias, y las distancias con SNPs vecinos, a través de los softwares GenomeStudio y Golden Helix.

Resultados y conclusiones: se obtuvo un mapa completo de CNVs para no afectados y afectados con labio/ paladar fisurado no-sindrómico, y se detectaron CNVs caso-exclusivos, así como reiteración en la pérdida de heterocigosis en regiones puntuales que albergan genes candidatos de señalización y/o expresión embrionaria temprana, incluyendo regiones que armonizan con mapeos previos realizados por el grupo. Este barrido genómico ha generado abundante información que permite múltiples análisis adicionales. (Financiacion: Colciencias 111-54-82-519, Universidad de Antioquia Programa Sostenibilidad).